Nemůže-li prezident Nejvyššího kontrolního úřadu ani viceprezident Nejvyššího kontrolního úřadu po přechodnou dobu vykonávat svoji funkci, vykonává funkci prezidenta Nejvyššího kontrolního úřadu:
Statutární zástupce podle jednacího řádu.
Kolegium Nejvyššího kontrolního úřadu.
Nejstarší člen Nejvyššího kontrolního úřadu.